Βασική διαφορά - SYBR Green vs Taqman

Το SYBR Green και το Taqman είναι δύο μέθοδοι που χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση ή την παρακολούθηση της διαδικασίας ενίσχυσης της PCR σε πραγματικό χρόνο. Το SYBR Green είναι μια μέθοδος που βασίζεται στην παρεμβαλλόμενη χρωστική βαφής νουκλεϊνικών οξέων ενώ η Taqman είναι μια μέθοδος που βασίζεται σε ανιχνευτή υδρόλυσης. Και οι δύο τεχνολογίες έχουν σχεδιαστεί για να παράγουν φθορισμό κατά τη διάρκεια της PCR, η οποία επιτρέπει στην μηχανή PCR σε πραγματικό χρόνο να παρακολουθεί την αντίδραση σε "πραγματικό χρόνο". Η SYBR πράσινη μέθοδος πραγματοποιείται χρησιμοποιώντας μια φθορίζουσα χρωστική που ονομάζεται SYBR πράσινη και ανιχνεύει την ενίσχυση με τη δέσμευση της βαφής στο παραγόμενο διπλόκλωνο DNA. Το Taqman διεξάγεται χρησιμοποιώντας διπλού ιχνηθέτες ανιχνευτές και ανιχνεύει την ενίσχυση με αποικοδόμηση του ανιχνευτή με πολυμεράση Taq και απελευθερώσεις του φθοροφόρου. Αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ του SYBR Green και του Taqman.

ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ 1. Επισκόπηση και διαφορά κλειδιού 2. Τι είναι το SYBR Green 3. Τι είναι το Taqman 4. Σύγκριση μεταξύ των συμβόλων - SYBR Green vs Taqman 5. Περίληψη

Τι είναι το SYBR Green;

Το SYBR Green είναι μια φθορίζουσα βαφή που χρησιμοποιείται για τη χρώση των νουκλεϊνικών οξέων, ειδικά του δίκλωνου DNA στο Molecular Biology. Η μέθοδος SYBR Green χρησιμοποιείται για την ποσοτικοποίηση των προϊόντων PCR κατά τη διάρκεια της PCR σε πραγματικό χρόνο. Μόλις συνδεθεί με το DNA, το προκύπτον σύμπλεγμα χρωστικής ϋΝΑ απορροφά το μπλε φως και εκπέμπει έντονο πράσινο φως. Αυτό συμβαίνει λόγω της δομικής μεταβολής που εμφανίζεται στο μόριο χρωστικής όταν δεσμεύεται με δίκλωνο DNA. Όταν η PCR δημιουργεί όλο και περισσότερο DNA, περισσότερα μόρια χρωστικής δεσμεύονται με το DNA, παράγοντας περισσότερο φθορισμό. Ως εκ τούτου, ο φθορισμός αυξάνεται με τη συσσώρευση του προϊόντος PCR. Συνεπώς, η ποσότητα του προϊόντος PCR μπορεί να μετρηθεί ποσοτικά με την ανίχνευση SYBR Green φθορισμού.

Η πράσινη βαφή SYBR μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για επισήμανση DNA σε κυτταρομετρία και φθορίζουσα μικροσκοπία. Το βρωμιούχο αιθίδιο έχει αντικατασταθεί επιτυχώς από το SYBR Green, εφόσον το βρωμιούχο αιθίδιο είναι καρκινογόνο χρωστική με προβλήματα διάθεσης κατά την οπτικοποίηση DNA στην ηλεκτροφόρηση πηκτής.

Υπάρχουν πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα της πράσινης μεθόδου SYBR. Αυτή η μέθοδος είναι πολύ ευαίσθητη, φθηνή και εύκολη στη χρήση. Ωστόσο, λόγω της ικανότητάς του να προσδένεται σε οποιοδήποτε δίκλωνο ϋΝΑ, η μη ειδική δέσμευση μπορεί να οδηγήσει σε ποσοτική ποσοτικοποίηση του προϊόντος PCR.

Τι είναι το Taqman;

Το Taqman είναι μια εναλλακτική μέθοδος για το SYBR Green για την παρακολούθηση της διαδικασίας PCR σε πραγματικό χρόνο. Αυτή η μέθοδος εξαρτάται από την δραστικότητα 5 '- 3' εξωνουκλεάσης του ενζύμου Taq πολυμεράσης για την αποικοδόμηση των ανιχνευτών κατά τη διάρκεια της επέκτασης του νέου κλώνου και την απελευθέρωση του φθοροφόρου. Σε αυτή τη μέθοδο χρησιμοποιούνται διπλοί ιχνηθετημένοι ανιχνευτές και βασίζονται στην υδρόλυση ανιχνευτών. Οι ανιχνευτές είναι σημασμένα με φθορισμό ολιγονουκλεοτίδια ϋΝΑ που έχουν φθορίζον μόριο ανταποκριτή (φθοροφόρο) στο άκρο 5 'και μόριο αποσβέστη στο 3' άκρο. Είναι σχεδιασμένα να δεσμεύουν το μονόκλωνο πρότυπο στην αντίθετη πλευρά του ανόπτη. Η πολυμεράση Taq προσθέτει νουκλεοτίδια στον εκκινητή και επεκτείνει τον νέο κλώνο προς τους διπλούς επισημασμένους ανιχνευτές. Μόλις η Taq πολυμεράση συναντήσει τον ανιχνευτή, η δράση εξωνουκλεάσης της πολυμεράσης Taq ενεργοποιεί και αποικοδομεί τον ανιχνευτή. Μόλις ολοκληρωθεί η σύνθεση του νέου κλώνου, ο ανιχνευτής υποβάλλεται σε πλήρη αποικοδόμηση και απελευθερώνει το φθοροφόρο. Η απελευθέρωση του φθοροφόρου παράγει φθορισμό. Το φθορίζον μόριο Quencher καταστέλλει αποτελεσματικά το εκπεμπόμενο φως και δημιουργεί την έξοδο για τον ποσοτικό προσδιορισμό του προϊόντος PCR. Η απελευθέρωση των φθοροφόρων και η ποσότητα των προϊόντων PCR είναι ανάλογες. Ως εκ τούτου, η ποσοτικοποίηση μπορεί εύκολα να γίνει με τη μέθοδο Taqman.

Η μέθοδος Taqman χρησιμοποιείται σε PCR σε πραγματικό χρόνο, ποσοτικοποίηση έκφρασης γονιδίων, ανίχνευση γενετικών πολυμορφισμών, ποσοτικοποίηση χρωμοσωμικών διαγραφών DNA, βακτηριακή ταυτοποίηση, επαλήθευση ανάλυσης μικροσυστοιχιών, γονότυπη SNP κλπ.

Ποια είναι η διαφορά μεταξύ του πράσινου SYBR και του Taqman;

Περίληψη - SYBR Green και Taqman

Το Taqman και το SYBR πράσινο είναι δύο μέθοδοι που χρησιμοποιούνται σε PCR σε πραγματικό χρόνο (ποσοτική PCR). Και οι δύο μέθοδοι καθιστούν δυνατή την αποτελεσματική ποσοτικοποίηση του προϊόντος PCR και βασίζονται στην εκπομπή του φθορισμού. Η μέθοδος Taqman χρησιμοποιεί διπλού ιχνηθέτες ανιχνευτές για την ανίχνευση του συσσωρευμένου DNA ενώ η μέθοδος SYBR Green χρησιμοποιεί φθορίζουσα χρωστική ουσία. Και οι δύο αυτές μέθοδοι έχουν διαφορετικές εφαρμογές στη μοριακή βιολογία.

Αναφορά: 1. Ταγιαντίνι, Μοχάμαντ Χασάν, Μοτζτάμπα Πανιέφπουρ και Σαγκχαγιέ Χάγκιου Ζουανμάρντ. "Σύγκριση μεθόδων SYBR Green και TaqMan σε ποσοτική ανάλυση αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης σε πραγματικό χρόνο τεσσάρων υποτύπων υποδοχέα αδενοσίνης". Προηγμένη Βιοϊατρική Έρευνα. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 Μαρτίου 2017. 2. "Βασικές αρχές PCR σε πραγματικό χρόνο." Real Time PCR, Ποσοτικά (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. Np, nd Web. 13 Μαρτίου 2017. 3. "SYBR Green και άλλες χρωστικές PCR σε πραγματικό χρόνο". Biocompare. Np, 05 Απριλίου 2010. Web. 14 Μαρτίου 2017

Η ευγένεια της εικόνας: 1. "PCR με πράσινο SYBR" Από -Ygonaar 23:09, 7 Μαρτίου 2006 (UTC) - Είναι ένα γράφημα που δημιουργήθηκε από την Ygonaar με Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org /w/index.php?curid=619528 2. "Taqman" από χρήστη: Braindamaged - Ίδια δουλειά (Δημόσιος τομέας) μέσω Wikimedia Commons